総合水産試験場試験研究基本計画は、長崎県水産業振興基本計画（以下「振興計画」）に基づいて実施される各種施策の実現に必要な試験研究及び技術開発を計画的に推進することを目的として作成しました。
　 本計画では、試験研究及び技術開発の推進の方向性と重点課題並びに具体的展開方策を明確化するとともに、研究ニーズ等の把握、成果等情報の発信や事業評価などの体制整備について明示しました。

計画期間は、振興計画の計画期間である平成１３年度から２２年度の１０年間とし、１３年度から１７年度の５年間を前期、１８年度から２２年度の５年間を後期としました。

振興計画に示された課題の解決や各種施策の推進に必要な科学的な根拠の提示及び技術支援を行うことは、総合水産試験場に課せられた使命です。
このため、振興計画に掲げられた３つの基本目標である「資源を育む海づくり」、「魅力ある経営体づくり」、「未来につなぐ人づくり・漁村づくり」の達成を目指し、試験研究及び技術開発にかかる９項目の推進方向を定め、これらに対応する２１の重点課題を選定しました。
なお、これらの中で特に次の３つの分野の研究には積極的に取り組みます。

• 推進方向(1)、(2) 水産資源の管理と持続的利用に関する研究
• 推進方向(3) 沿岸環境保全に関する研究
• 推進方向(7) 水産物の高付加価値化に関する研究